Prije upotrebe spalionice otpada, otpad treba strogo sortirati kako bi se izbjeglo dodavanje zapaljivog, eksplozivnog, metalnog ili velikog kamenja i drugih neprikladnih materijala. Količinu otpada koji se unosi treba razumno kontrolirati u skladu sa projektiranim kapacitetom opreme kako bi se izbjeglo nepotpuno sagorijevanje ili preopterećenje opreme zbog prekomjernog punjenja odjednom. Male ili mobilne spalionice treba da se napajaju u serijama kako bi se osigurala ujednačena temperatura sagorevanja i efikasnost.
Prilikom pokretanja opreme potrebno je izvršiti predgrijavanje kako bi se osiguralo da peć dostigne stabilnu visoku temperaturu. Tokom sagorevanja treba obratiti pažnju na podešavanje protoka vazduha i brzine sagorevanja kako bi se obezbedilo potpuno sagorevanje otpada u okruženju visoke temperature. Protok zraka i vrijeme sagorijevanja mogu se podesiti na odgovarajući način prema vlazi i vrsti otpada kako bi se osigurala potpuna oksidacija otpada uz smanjenje rizika od stvaranja dimnih plinova i sekundarnog zagađenja.
Tokom rada, peć, izduvne cijevi, sistem za kontrolu sagorijevanja i uređaj za prečišćavanje dimnih plinova treba redovno pregledavati kako bi se osigurao normalan rad. Nakon svake operacije, ostatke peći, rashladni pepeo i nagomilani pepeo u posudi za pepeo treba očistiti kako bi se spriječilo začepljenje ili prekomjerno nakupljanje pepela koje bi moglo utjecati na sljedeću efikasnost sagorijevanja. Za sisteme za prečišćavanje dimnih gasova, radni status filter vrećica, sakupljača prašine i uređaja za adsorpciju aktivnog uglja treba redovno provjeravati kako bi se osiguralo da emisije ispunjavaju standarde. Operateri se moraju striktno pridržavati sigurnosnih procedura i nositi neophodnu zaštitnu opremu, kao što su rukavice, maske i zaštitne naočale. Uređaji za hitno isključivanje, alarmni sistemi za temperaturu i pritisak na opremi moraju se održavati u ispravnom stanju.